واحد حسابرسی داخلی بانک باید مستقل از واحدهای حسابرسی شونده باشد. همچنین اين واحد باید از فرآیند کنترل داخلی که به ‌صورت روزمره اجرا می‌شود، مستقل باشد. این بدین معنا است که واحد حسابرسی داخلی جایگاه مناسبی در بانک دارد و وظایف محوله را با بیطرفی و به گونه‌ای منصفانه انجام می‌دهد.
بنابراین، به‌منظور اطمینان از استقلال آن در مقابل سایر فعالیت‌های بانک، واحد حسابرسی داخلی باید تحت کنترل مستقیم مدیران اجرایی ارشد یا هیات مدیره یا کمیته حسابرسی (اگر وجود داشته باشد) فعالیت کند که این موضوع به چارچوب حاکمیت شرکتی بانک بستگی دارد.
علاوه بر این، واحد حسابرسی داخلی باید بتواند امور محوله را با ابتکار عمل خودش در کلیه‌ بخش‌ها، تشکیلات و کارکردهای بانک اعمال كند. این واحد باید قادر به گزارش آزادانه یافته‌ها به ريیس هیات مدیره، اعضای هیات مدیره، اعضای کمیته حسابرسی یا حسابرسان مستقل باشد.
کار واحد حسابرسی داخلی باید نوعی رسیدگی مستقل باشد که توسط بخش مستقلی مانند حسابرس مستقل قابل انجام باشد یا کمیته حسابرسی بتواند آن را انجام دهد.
یک بررسی انجام شده توسط کمیته باسل در مورد نمونه‌ای از بانک‌ها نشان داد که همه واحدهای حسابرسی داخلی از فعالیت‌هایی که حسابرسی می‌شوند و نیز از فرآیند کنترل داخلی روزمره مستقل هستند. کلیه‌ واحدهای حسابرسی داخلی بر این باور بودند که آنها قادر به اعمال وظایف محوله خود، گزارش یافته‌ها و ارزیابی‌ها و افشای درون سازمانی آنها بدون مداخله‌ مدیریت هستند. همچنین ملاحظه شد که استقلال نسبی واحد حسابرسی داخلی از طریق تدوین نمودار سازمانی حسابرسی (امری که حوزه اختیارات و جایگاه این واحد را تقویت می‌کند) و سرپرستی و نظارت یا هر دو تضمین می‌شود.
برای مثال، بانک ملی رومانی این الزامات مرتبط با کار مستقل واحد حسابرسی داخلی را برای همه بانک‌ها تصویب کرد، هم به لحاظ سازمانی و هم به لحاظ کارکردی. همچنین، حسابرس داخلی شرکت‌های تابعه و فرعی باید به هیات مدیره، و نه به مدیریت اجرایی ارشد، گزارش کند.

بیطرفی
واحد حسابرسی داخلی باید بیطرف باشد، یعنی در موقعیتی باشد که وظایف محوله را عاری از هرگونه تعصب و مداخله انجام دهد.
این اصل مکمل اصل اول است و بر استقلال قضاوتی حسابرسان داخلی دلالت دارد. بنابراین، بیطرفی ایجاب می‌کند که حسابرسان داخلی درگیر عملیات اجرایی یا گزینش یا اجرای سنجه‌های کنترل داخلی بانک نشوند. همچنین، حسابرسان داخلی تازه استخدام شده نباید فعالیت‌ها و کارهایی را حسابرسی کنند که خود اخیرا آن را انجام می‌دادند. علاوه بر این، تخصیص کارکنان در واحد حسابرسی داخلی باید به ‌صورت دوره‌ای و گردشی باشد.
به هر جهت، اصل بیطرفی احتمال درخواست نظر از واحد حسابرسی داخلی درباره موضوعات خاص مرتبط با اصول کنترل داخلی، طرح‌های تجدید ساختار، آغاز فعالیت‌های با اهمیت و مخاطره‌آمیز، سیستم‌های اطلاعاتی مدیریت یا سیستم‌های فناوری اطلاعات را مستثنی نمی‌کند. اما توسعه و معرفی احتمالی این سنجه‌ها باید مسوولیت‌های مدیریت را حفظ کند، زیرا نقش حسابرس داخلی باید تنها ارائه مشاوره باشد.
همچنین، این نکته حائز اهمیت است که هر گونه شرایط از قبیل تضاد منافع، محدودیت حسابرس داخلی یا خدشه‌دار شدن بیطرفی او قبل یا حین انجام ماموریت باید در اسرع وقت به بخش‌های ذینفع (هیات مدیره، اعضای کمیته حسابرسی، مدیر اجرایی بانک) ارائه شود.
استمرار
«حسابرسی داخلی در بانک باید کاری دائمی باشد. مدیریت ارشد در انجام وظایف و مسوولیت‌هایش باید کلیه معیارهای اندازه‌گیری ضروری را در نظر بگیرد به طوری که بانک به‌طور مستمر روی کار واحد حسابرسی داخلی متناسب با اندازه و ماهیت عملیاتش اتکا کند. این معیارهای اندازه‌گیری شامل فراهم نمودن منابع و استخدام نیروی انسانی شایسته برای دستیابی به اهداف آن واحد است.»
اصل استمرار تنها یک ادعا نیست بلکه اطمینان از اثر بخشی و کارآیی کار دائمی فعالیت منابع و نیروی انسانی.
بطور کلی، مدیریت ارشد باید کلیه‌ معیارهای اندازه‌گیری را در نظر بگیرد تا بانک بتواند به‌طور مستمر بر کار واحد حسابرسی داخلی متناسب با اندازه و ماهیت عملیات آن اتکا کند.
بدین منظور مدیریت ارشد بررسی می‌کند که آیا منابع و نیروی انسانی مناسب در اختیار واحد حسابرسی داخلی قرار گرفته است و این کار را یا به ‌صورت مستمر یا به‌طور سالانه و از طریق مقایسه‌ کار انجام شده توسط حسابرسان داخلی با کار برنامه‌ریزی شده یا با مقایسه‌ کار حسابرسی داخلی یک بانک با سایر بانک‌ها انجام می‌دهد.
اندازه کار حسابرسی داخلی در بانک‌ها قابل‌ملاحظه نيست. براساس یک بررسی انجام شده توسط کمیته باسل به‌طور متوسط حدود یک‌درصد نیروی کار بانک به واحد حسابرسی داخلی تعلق دارد.‌ درصد واقعی نسبت مذکور به اندازه بانک و فعالیت‌های آن بستگی دارد و در بانک‌های مختلف متفاوت است.
در بانک‌های بزرگتر با عملیات پیچیده، معمولا یک واحد حسابرسی داخلی با نیروی کار تمام وقت باید حسابرسی داخلی را راهبری کند، در حالیکه در بانک‌های کوچک ممکن است فعالیت‌های این واحد برون سپاری شود.

صلاحیت حرفه‌ای
صلاحیت حرفه‌ای حسابرسان داخلی برای دایر ساختن صحیح حسابرسی داخلی ضروری است، زیرا این واحد باید کلیه‌ فعالیت‌های بانک را پوشش دهد و این امر روز به روز تخصصی‌تر می‌شود. افزون بر این، فعالیت‌های جدیدی مطرح می‌شوند یا بر پیچیدگی فعالیت‌های موجود افزوده می‌شود. این دلیل نیاز به داشتن حسابرسان داخلی با سطح دانش و تجربه بالا است و آنها باید به‌طور مستمر برای به روزكردن دانش فعالیت‌های بانکی و فنون حسابرسی آموزش داده شوند. علاوه بر این، در تایید صلاحیت حرفه‌ای حسابرسان داخلی باید ظرفیت آنها را در جمع‌آوری اطلاعات، بررسی و ارزیابی و انتقال نتایج مورد ارزیابی قرار داد. همه این موارد بسیار با اهمیت است، زیرا واحد حسابرسی داخلی به عنوان یک مجموعه باید از شایستگی کافی برخوردار باشد تا قادر به رسیدگی کلیه‌ حوزه‌های فعالیت بانکی باشد.
انجام وظایف مشابه و کارهای جاری و روزمره می‌تواند بر ظرفیت حسابرس داخلی برای انجام قضاوت‌های حرفه‌ای و حساس تاثیر منفی داشته باشد. بنابراین توصیه می‌شود در صورت امكان حسابرسان داخلی در واحد خود به صورت گردشی فعالیت کنند، البته به روشی که استقلال آنها با مخاطره مواجه نشود.
در قوانین بانکی برخی از کشورها تعدادی مقتضیات اخلاقی نیز به الزامات مذکور اضافه شده است: برای مثال، حسابرس داخلی باید درستکار، قابل اعتماد و منحرف نشدنی باشد. با چنین تصویری، استخدام افراد متخصص برای واحد حسابرسی داخلی، واحد تحقیق و توسعه بانک را با چالش مواجه می‌سازد. اگر به الزامات دیگر مربوط به بیطرفی توجه کنیم، شاید مدیریت منابع انسانی حسابرسی داخلی یک «ماموریت غیرممکن» به نظر رسد. هر بانک برای ارزیابی کفایت صلاحیت حرفه‌ای حسابرسان داخلی با توجه به الزامات یاد شده اصول خاص خود را دارد.
براساس نتایج یک بررسی انجام شده توسط کمیته باسل، صلاحیت حرفه‌ای از طرق مختلف می‌تواند حفظ شود که مهم‌ترین موارد اشاره شده توسط بانک‌ها عبارتند از:
• آموزش حین کار
• آموزش داخلی و خارجی رسمی
• گردش کارکنان در واحد حسابرسی داخلی، اگرچه برخی‌ها تصور می‌کنند که این روش با نیاز به تخصص‌گرایی در تضاد است.
• ترغیب به دریافت گواهینامه حسابرس داخلی
همچنین بررسی يادشده نشان می‌دهد که حسابرسان داخلی از آموزش بالایی برخوردارند، به‌ویژه در بانک‌های بزرگتر و حوزه‌های تخصصی از قبیل حسابرسی فعالیت‌های تجاری و فنآوری اطلاعات. از طرف دیگر، بانک‌های کوچکتر در زمان استخدام حسابرسان داخلی بیشتر دانش و تجربه حرفه‌ای فردی در امور بانکی را مدنظر قرار می‌دهند تا آموزش‌های رسمی و تخصص حرفه‌ای.